第一阶段：被摄入后，益生菌在遭受胃酸的腐蚀作用下能够存活，并通过小肠进入肠道。第二阶段：在肠道内，利用有机物和营养供给条件，形成新的种群，并开始繁殖。第三阶段：益生菌开始适应肠道环境，形成肠道菌群，与肠道内原有的菌群形成竞争关系，保护人体健康。第四阶段：益生菌发挥保护、调节功能，加强肠道免疫力，促进营养物质吸收，减少对肠道有害物质的影响，帮助肠道调节、建立正常的微生物组成。
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