首先，中医所说的心，并不是现代解剖学所说的心脏。中医说的心，实际是一个系统而非独立的器官。
很多人对中医不了解，以为中医所谓“心主神明”是像现代解剖学一样，是以器官功能来阐释的。但实际上，即使在中医，“心主神明”也只是一个假说。
《灵枢·本神》指出：“所以任物者谓之心，心有所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。”它是在中医理论的指导下，用脏象学说一元化阐述人体复杂的生命活动规律的假说，是在“形神合一论”的基础上，将“人身之神”依附于“脏象之心”。
换句话说，中医并没有找到人到底是用什么器官来思维的，但没有去乱定义，而是做了一个假说。
很多外行不了解内情，把假说当成中医给出的最终结论，这是一种抹黑。
并且，《素问·宣明五气》里说：“心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志。”虽然中医讲“心主神明”，但同时也认为，人的思维实际是与全身都有关的。中医说心“在志为喜”，肝“在志为怒”，脾“在志为思”，肺“在志为忧”，肾“在志为恐”。难道除了喜，怒、思、忧、恐就不是心理活动了？
之所以将心作为心神之君，正如《类经·疾病类》所说：“心为五脏六腑之大主，而总统魂魄，并赅意志。故忧动于心则肺应，思动于心则脾应，怒动于心则肝应，恐动于心则肾应，此所以五志唯心所使也。”是心“主血脉”的功能的体现。
还是那句话，不是中医认为心会思考，而是把思考的功能假定给心，在这里，心仅仅是个代号，这是一个藏象理论的假说。
假说！假说！这边“比如说”，那边就当真了，谁的错？