截至2015年9月，学校图书馆馆藏纸质图书73.6万册，有电子图书38万种、电子资源数据库19个。数字资源总量超过11TB。纸质文献中，最珍贵的是清嘉庆19年（1814年）朝鲜完营重刊本《东医宝鉴》，极具研究价值，这已成为镇馆之宝。最具特色的是山西地方中医药文献，有三个版本的《傅山男科》，为傅山医学的研究提供了第一手资料。此外还藏有民国时期刊行时间最长的山西《医学杂志》（1921-1936）包括创刊号在内的期刊86册，是中国收藏数量最全的单位之一。山西中医药大学主办的综合性中医药学术刊物，被收录数据库有：中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、中国期刊全文数据库（CJFD）、中国核心期刊（遴选）数据库、《中文科技资料目录——医药卫生》检索刊物、中文科技期刊数据库、中文生物医学期刊文献数据库CMCC、书生数字化期刊、中华首席医学网收录期刊、山西省一级期刊等收录。
《山西中医学院学报》由山西省卫生厅主管，山西中医学院主办的学术性期刊，为双月刊，逢双月末出版，是面向国内外公开发行的综合性中医药学术刊物。栏目山西中医学院学报辟有中医药科学前沿问题、医史文献、实验中医药学、临床研究、临证经验、生物医学、中药制剂工程与技术、中医药知识产权论坛、中医药产业化论坛、专家访谈、文献综述等20多个栏目》宗旨遵循'用新视角透视中医药科技发展,反映高水平中医药研究成果,及时提供临床经验精华,积极促进中西医学术交流,努力培养中医药科技名家'的办刊宗旨,以独特的栏目设计,为广大作者和读者提供更广阔和更具有弹性的思维创意及学习空间。
《山西中医学院学报》《山西中医学院学报》是由山西省卫生厅主管、山西中医药大学主办的综合性中医药学术刊物，被收录数据库有：中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、中国期刊全文数据库（CJFD）、中国核心期刊（遴选）数据库、《中文科技资料目录——医药卫生》检索刊物、中文科技期刊数据库、中文生物医学期刊文献数据库—CMCC、书生数字化期刊、中华首席医学网收录期刊、山西省一级期刊等收录。辟有中医药学文献研究、中医药学前沿问题、生物医学、临床研究、临证报道、中医护理、实验中医药学、科研报告、中药药理、中药制剂工程与技术、教学改革、专家笔谈、学者风采、中医药管理、中医药知识产权论坛、中医药产业化论坛、文献综述等20多个栏目。