因年龄和尿感部位不同而异，主要有三种表现形式：即肾盂肾炎、膀胱炎和无症状性菌尿。
1.肾盂肾炎婴幼儿占多数，以全身感染中毒症状为主要表现，常有38.5℃以上的发热，高热时可有惊厥或寒战，同时还有全身不适、神萎、面色苍黄，呕吐、恶心、轻泻。年长儿述胁肋部或腰痛，肾区叩击痛。新生儿表现如败血症，有体重下降、喂养困难、黄疸、激惹、发热或体温不升。
2.膀胱炎大多为年长女孩，有尿频、尿急、排尿困难、排尿不尽、下腹不适、耻骨上区疼痛、尿失禁的症状，有时尿恶臭，有外阴部湿疹。膀胱炎一般不引起发热。
3.无症状性菌尿无症状性菌尿指小儿尿培养阳性，而无任何感染的临床症状。几乎全是女孩，但若不治疗可能发展为有症状的尿路感染。患者多有感染或尿路刺激的临床症状，结合尿常规、尿培养菌落计数可以做出诊断。符合以下两条者可确诊。
1.清洁中段尿检查离心镜检中白细胞≥5个/Hp，或有尿感症状。
2.中段尿培养菌落计数≥10万/ml。
3.如无一条，应再做中段尿培养，同一细菌仍≥10万/ml，可确诊。可称无症状性菌尿。根据尿白细胞管型，血白细胞总数和中性粒细胞比例增高，血沉增快，C反应蛋白升高，提示肾盂肾炎，影像学DMSA检查，确认肾盂肾炎的存在，并了解炎症的范围和程度。上尿路感染者还应做泌尿系统B超检查，